Apeldoorn belediyesinde üç tür kanalizasyon sistemi bulunmaktadır. Yerçekimi kanalizasyonu (esas olarak şehir merkezlerinde), basınçlı kanalizasyon (kırsal bölgelerde) ve vakumlu kanalizasyon (Oosterhuizen ve Wenum-Wiesel’in bazı bölgelerinde).